当研究所は､昭和52（1977）年に「家畜改良技術センター」として家畜の血液型検査と人工授精研究のため設立され、その後、受精卵移植、精子分別研究、遺伝的不良形質の検査あるいはＤＮＡ型検査などの業務が拡大し、平成５年に家畜改良技術研究所と改称されました。
現在、約50名のスタッフを擁し、遺伝子型検査と繁殖技術研究を行っています。
家畜改良技術センター設置
1977年 群馬県前橋市に家畜改良技術センターを設置
1978年 人工授精研究業務および血液型検査業務を開始
1981年 受精卵移植研究業務を開始
家畜改良技術センター研究棟増築
1982年 血液型検査課、東京から前橋に移転
1983年 体外受精研究業務を開始
1987年 牛リンパ球抗原型研究業務を開始
1988年 性判別技術研究業務を開始
東京バイテクセンター設置
1989年 東京都品川区に東京バイテクセンターを設置
1992年 牛遺伝的不良形質ＤＮＡ型検査業務を開始
家畜改良技術研究所 / 家畜バイテクセンターに改称
1993年 家畜改良技術センターを家畜改良技術研究所に改称
東京バイテクセンター分離独立、家畜バイテクセンターに改称
1995年 家畜改良技術研究所新研究棟竣工
1997年 牛の親子判定・個体識別のためのＤＮＡ型データベース作成業務を開始
1998年 遺伝子解析棟竣工
遺伝検査部と繁殖技術部の二部制導入
2003年 牛肉トレーサビリティ検査、検査試料受け入れを開始
2004年 牛の親子判定・個体識別検査をＤＮＡ型検査に移行
Sort90 生産開始
2006年 選別精液に関する商業ライセンスを取得
選別精液Sort90（ソート90）の生産を開始
ISO9001認証を取得
2007年 ISO9001認証を取得
2008年 SNP検査を開始
2009年 ICARよりマイクロサテライト型を用いた牛親子判定の認定機関として認証を取得
2011年 平成22年度畜産大賞表彰事業 優秀賞受賞（研究開発部門）
ICARよりマイクロサテライト型を用いた牛親子判定の認定機関として認証を取得更新
2013年 ICARよりSNP型を用いた牛親子判定の認定機関として認証を取得
2015年 繁殖雌牛を対象にした枝肉６形質のゲノミック評価を開始
2016年 繁殖技術部開発第二課業務を前橋種雄牛センター生産第二課へ移管
ISO/IEC17025認定を取得
2024年 牛のSNP 検査についてISO/IEC 17025認定を取得